המכון ללימודי אסיה ואפריקה מציב לעצמו כמטרה לפתח ולקדם שיתופי פעולה מחקריים עם מוסדות מחקר מובילים ברחבי העולם, ובפרט עם מוסדות באסיה ובאפריקה. למכון קיימים הסכמים לשיתופי פעולה עם שורה של מוסדות אקדמיים ומרכזי מחקר בינלאומיים.

• Doshisha University, Kyoto
• Heidelberg Centre for Transcultural Studies
• Samarkand State University named after Sharof Rashidov 
• Yerevan State University